در اولين روزهاي دفاع مقدس، با وجود اوضاع نابسامان جنگ ، آيت الله خامنه اي عازم جبهه هاي نبرد شد تا با حضور خود بر اعتماد به نفس و طمأنينه ي رزمندگان اسلام بيفزايد و شور و اشتياق آنان را به جهاد و شهادت دو چندان کند. ايشان درباره ي اولين حضور خود در جبهه چنين مي فرمايد:
چه زماني چفيه جزو لباس رهبر شد؟

در اوايل جنگ چون احساس کردم که نيروهاي نظامي ما بسيار کم و ضعيف هستند، براي اين که بتوانيم همان هايي را که هستند روحيه بدهيم و افراد ديگري از مردم را دعوت کنيم که به آن ها کمک کنند، من از امام اجازه گرفتم و به جبهه رفتم. حدود يک هفته اي از جنگ مي گذشت که من به اهواز رفتم، چون دشمن نزديک اهواز بود، من سال 59 را تا آخر و يکي دوماه از سال شصت را در جبهه بودم. در منطقه اهواز و دزفول و حول و حوش ميدان جنگ و مختصري هم در غرب بودم.

مقام معظم رهبري، ماجراي اجازه ي امام به ايشان را اين گونه نقل مي کنند:

با دغدغه اي کامل خدمت امام رفتم.هميشه امام به ما مي گفتند که خودتان را حفظ کنيد و از خودتان مراقبت نماييد.....من به امام گفتم خواهش مي کنم اجازه بدهيد من به اهواز يا دزفول بروم. شايد کاري بتوانم بکنم. بلافاصله گفتند که شما برويد. من به قدري خوشحال شدم که گويي بال در آوردم. مرحوم چمران هم آنجا نشسته بود. گفت: پس به من هم اجازه بدهيد تا به جبهه بروم. ايشان گفتند: شما هم برويد...عصر همان روز به همراه شهيد چمران با هواپيما به اهواز رفتيم.



اولين پيام نماينده ي امام در ارتش

به دنيال حمله هوايي نيروهاي بعثي عراق به چند پايگاه هوايي ايران، آيت الله خامنه اي نماينده امام در ارتش و عضو شواري دفاع ملي بعد از ظهر روز سي و يکم شهريور1359 طي يک پيام راديويي مردم را به حفظ خونسردي و متانت دعوت کرد. متن پيام به اين شرح است:

بسم الله الرحمن الرحيم

ملت مسلمان و انقلابي ايران، برادران و خواهران! دولت دست نشانده و مزدور عراق تجاوز هوايي را به حريم جمهوري اسلامي ايران آغاز کرده و به چند پايگاه هوايي حمله نموده است. ما تاکنون نخواسته بوديم که حمله را آغاز کنيم اما ارتش جمهوري اسلامي تجاوز اين بعثي هاي دست نشانده را تحمل نمي کند و درس تلخي به صدام خواهد داد.مردم عزيز ما بايد خونسردي و متانت خود را حفظ کنند. هر گونه شايعه را که احياناً ضد انقلاب منتشر مي کند نفي کنند.

به پادگان هاي نظامي نزديک نشوند و در انتظار لحظه انجام مسئوليت همگاني که از سوي رهبر عظيم الشأن محول خواهد شد، باشند. هم اکنون برادرهاي رزمنده ارتش جمهوري اسلامي ايران در زمين و هوا و دريا به نبرد سرگرم اند، نتايج متعاقباً به اطلاع ملت خواهد رسيد.

والسلام عليکم ورحمه الله