نخستین مرکز آموزش نینجوتسو (بوجین کان دوجو نین جوتسو) زمستان ۱۳۶۹ در شهر کرج گشایش یافت.

در آغاز کار به سبب ناشناخته بودن در میان ورزشکاران و ورزش دوستان، مشکلات فراوانی در پیشرفت آن وجود داشت.

از جمله اینکه ،در اوایل فدراسیون کونگ فو ایران بدلیل رنگ سیاه یونیفرم قصد داشت که کنترل نینجوتسو ایران را به عهده بگیرند، اما با تلاشهای استاد اکبر فرجی و حمید شمعدانی، که از پیشکسوتان این ورزش در ایران بود و زیر نظر استاد فرجی تعلیم دیده بود  موفق شدند نینجوتسو را زیر نظر فدراسیون کاراته برای اولین بار، به ثبتبرسانند.

 همچنین به جهت ابزار و سلاحهای متعددی که در امر آموزش استفاده می‌ شد برای بسیاری ذهنیت غریبی به وجود آورده بود. اما در سال‌های اخیر، این ورزش شاهد رشد چشمگیری در محبوبیت مردمی بوده‌است.

شیدوشی کای کلاس‌های فوق العاده‌ای است که مناسب با شرایط و بصورت نامنظم تشکیل می‌شوند و در آنها جدا از موارد عمومی آموزشهای اختصاصی نیزداده می‌شود راهیابی به این کلاس‌ها دشوار است و هدف آن بالا بردن مهارتهای علمی و تئوری هنرجویان است.