گروهی از دهانشویه ها ضد عفونی کننده هستند.این دهانشویه ها اگر طولانی مدت استفاده شوند فلور میکروبی دهان را به هم می ریزند.
دهانشویه ها با از بین بردن باکتری های مفید باعث می شوند بعضی از میکروب ها بیشتر رشد کنند.بنابراین فرد با مصرف طولانی مدت آن ها ممکن است دچار قارچ داخل دهان شود.

بررسی ها نشان می دهند، دهانشویه ها باعث خشکی دهان می شوند و وقتی دهان خشک شود زمینه ای برای ایجاد بوی بد دهان فراهم می شود.علاوه بر این بعد از غذا خوردن همیشه مقداری از مواد غذایی روی سطح مینای دندان باقی می ماند؛در این صورت وقتی از دهانشویه درمانی استفاده می کنیم،ممکن است با مواد غذایی وامنش نشان دهد و با ایجاد محیطی اسیدی به مینای دندان آسیب بزند.

همچنین مطالعات نشان می دهند، اگر دهانشویه بیش از حد و در طولانی مدت استفاده شودباعث تغییر رنگ دندان ها می شود.این مشکل بیشتر در مورد مصرف طولانی مدت دهانشویه درمانی(بیش از یک هفته)مطرح است اما دهانشویه های معمولی(15 روز)به صورت مداوم استفاده شوند باعث تغییر رنگ دندان ها می شوند.

افراد بدون صرف هزینه های زیادی می توانند دهانشویه خانگی و طبیعی درست کنند برای این کار کافی است مقدار کمی نمک را داخل اب حل کنید.این محلول باید آنقدر رقیق باشد که نمک آن حس نشود.اگر مقداری نعنا هم به آن اضافه کنید می توانید از خاصیت خوشبو کنندگی بهره مند شوید.