سير بيماري هپاتيت C معمولاً بدخيم تر از هپاتيت B است. تقريباً تمام موارد ويروس به شكل مزمن در خون باقي مانده و تنها 15%  به شكل ناقل در مي آيد و 85% باقي مانده به علت  فعال شدن ويروس احتياج به درمان پيدا مي كنند. انديكاسيون اصلي درمان بر اساس نتيجه بيوپسي مشخص مي گردد در بيماري كه  CVRNA  PCRمثبت داشته و آتزيمهاي كبدي بالا باشد حتماً بيوپسي انجام شده و در صورتي كه ميزان التهاب(Grade) يا فيبروز (Stage) در سيستم امتيازدهي HAL از 2 بالاتر باشد بيمار به درمان آنتي ويرال احتياج دارد.درمان اصلي پيشنهادي انترفرون آلفا به ميزان3 ميليون واحد يك روز در ميان است كه به صورت زير جلدي در ناحيه دلتوئيد تزريق مي گردد. انترفرون به تنهايي در حدود 20% توانايي ايجاد بهبودي دارد. در حاليكه با اضافه شدن ريباويرين اين ميزان تا دو برابر افزايش يافته و به حدود 35 تا 40% مي رسد. ريباويرين به صورت قرصهاي 100 يا 200 ميلي گرمي است و بيمار بين 800 تا 1200 ميلي گرم روزانه بايد مصرف كند. مدت درمان با انترفرون 48 هفته يا تقريباً يكسال است ولي ريباويرين معمولاً تا 6 ماه ادامه پيدا مي كند. عوارض شناخته شده انترفرون شامل احساس ميالژي و حالت آنفولانزا ،ريزش مو، اسهال و تغييرات خلق و خواست كه بجز آخري معمولاًمنجر به قطع دارو نمي شوند در صورتي كه بيمارسابقه بيماريهاي اعصاب و روان قبلي نظير صرع كنترل نشده، سايكوز كنترل نشده و يا افسردگي داشته باشد بهتر است انترفرون نگيرد. ديابت كنترل نشده و يا افزايش قند بدون پاسخ به درمان در بيماران ديابتي نياز به قطع دارو دارد. انترفرون همچنين باعث اختلالات تيروئيدي (بيشتر به صورت هيپوتيروئيدي) و كاهش و گلبولهاي سفيد مي شود. در صورت بروز اين دو مورد بايد دارو را قطع كرد و خوشبختانه عوارض قابل برگشت است.مهمترين عارضه ريباويرين آنمي است. بنابراين در بيماران كم خون نظير تالاسميكها بهتر است مصرف نشده يا با احتياط زياد تجويز گردد. در صورتي كه افت هموگلوبين به وجود آيد بايد دارو كاهش يا قطع شود. عارضه ديگر اختلالات كليوي است.بنابراين در هر بيمار كانديد درمان انترفرون بايد پيش از شروع بررسي از نظر اعصاب و روان، كنترل اندكسهاي خوني (CBC, diff, platelete) و بررسيهاي تيروئيدي (TSH,T4,T3) بايد انجام و به صورت دوره اي پيگيري شود. در مورد ريباويرين بجز آزمايشهاي فوق در بدو شروع بهتر است  GFR بيمار محاسبه گردد.