امام در يكي از سفرهايشان كه مصادف با ماه رمضان بود، در مسجدي دور افتاده، متروك و بسيار كوچك- كه بيش از يك اتاق گلي نداشت- به اقامه نماز جماعت مي پرداختند. اين در حالي بود كه عده اي از علماء به ايشان پيشنهاد كردند كه در مسجد جامع شهر اقامه جماعت كنند. اما آن بزرگوار قبول نكردند و فرمودند : «در مسجد جامع كسي هست كه اقامه جماعت كند، ولي در اين مسجد كسي نيست كه اقامه جماعيت كند از اين رو مسجد را بايد احيا كرد.»
 
نماز شب در نوجواني
در خاطرات مربوط به نماز امام خميني رحمه الله عليه مي خوانيم: خويشاوندان ايشان مي گفتند: از پانزده سالگي ايشان كه ما در خمين بوديم، آقا يك چراغ موشي كوچك مي گرفتند و مي رفتند به يك قسمت ديگر كه هيچ كسي بيدار نشود و نماز شب مي خواندند. همسر امام رحمه الله عليه مي گويند: «تا حالا نشده كه من از نماز شب ايشان بيدار شوم.» چون چراغ را مطلقا روشن نمي كردند. نه چراغ اتاق را روشن مي كردند، نه چراغ راهرو را و نه حتي چراغ دستشويي را و از يك چراغ قوه كوچك  كه تنها جلوي پايشان را روشن مي كرد، استفاده مي كردند. و براي اين كه كسي بيدار نشود، هنگام وضوي نماز شب، يك ابر زير شير مي گذاشتند كه آب چكه نكند و صداي آن كسي را بيدار نكند.
 
معناي سبك شمردن نماز
داماد حضرت امام خميني رحمه الله عليه مي گويد: مساله ديگر، نماز اول وقت بود كه ايشان خيلي به آن اهميت مي دادند. روايتي از امام جعفر صادق عليه السلام نقل مي كردند كه «اگر كسي نمازش را سبك بشمارد، از شفاعتشان محروم مي شود.» من يك بار به ايشان عرض كردم: «سبك شمردن نماز شايد به اين معني باشد كه شخص، نمازش را يك وقت بخواند و يك وقت نخواند.» گفتند: نه، اين كه خلاف شرع است. منظور امام صادق عليه السلام اين بوده است كه وقتي ظهر مي شود و فرد در اول وقت نماز نمي خواند، در واقع به چيز ديگري رجحان داده است.
 
دو ركعت عشق
دختر امام خميني رحمه الله عليه درباره يكي از خاطرات زمان دستگيري ايشان مي گويد: امام براي من تعريف كردند: توي راه من گفتم كه نماز نخوانده ام، يك جايي نگه داريد كه من وضو بگيرم. گفتند:«ما اجازه نداريم.» گفتم : شما كه مسلح هستيد و من كه اسلحه اي ندارم. به علاوه شما همه با هم هستيد و من يك نفرم، كاري كه نمي توانم بكنم. گفتند:« ما اجازه نداريم .» فهميدم كه فايده اي ندارد و اينها نگه نمي دارند. گفتم: خوب ، اقلا ً نگه داريد تا من تيمم كنم. اين را گوش كردند و ماشين را نگه داشتند، اما اجازه پياده شدن به من ندادند. من همين طور كه توي ماشين نشسته بودم، از توي ماشين خم شدم و دست خود را به زمين زدم و تيمم كردم. نمازي كه خواندم، پشت به قبله بود. چرا كه از قم به تهران مي رفتيم و قبله در جنوب بود. نماز با تيمم و پشت به قبله و ماشين در حال حركت! اين طور نماز صبح خود را خواندم. شايد همين دو ركعت نماز من مورد رضاي خدا واقع شود.
 
 
نمازهاي معطر
امام خميني رحمه الله عليه هميشه هنگام نماز از عطر و بوي خوش استفاده مي كردند و شايد بدون بوي خوش به نماز نايستاده باشند، حتي در نجف هم كه نماز شب را در پشت بام منزل مي خواندند شيشه عطري همراه خود مي بردند.
يكي از پزشكان مي گويد: در ايامي كه امام خميني رحمه الله عليه در بيمارستان تحت معالجه و عمل جراحي بودند، لوله تنفس در تراشه ايشان بود وقتي اين لوله در مجراي تنفسي قرار مي گيرد، شخصي نمي تواند صحبت كند اما امام با اين كه لوله به ايشان وصل بود نماز ظهر و عصر آن روز را به همان وضع ادا نمودند و حتي نماز شب خود را ترك نكردند.
 
اهميت به نماز جماعت
امام خميني رحمه الله عليه حتي در روزي كه فرزند عزيزش آقا مصطفي خميني رحمه الله عليه به شهادت رسيده بود و منزل ايشان در نجف پر از جمعيتي بود كه براي عرض تسليت آمده بودند، هنگام ظهر به مسجد رفت و نماز جماعيت را ترك نكرد.
 
نماز شب
حجت الاسلام علي انصاري كرماني مي گويد: مدت پنجاه سال است كه به هيچ وجه نماز شب امام خميني رحمه الله عليه ترك نشده است. حضرت امام در بيماري، در صحت، در زندان ، در خلاصي، و در تبعيد و حتي بر روي تخت بيمارستان قلب هم نماز شب مي خواندند.
يك روز در قم، حضرت امام بيمار شدند. به دستور اطبا مي بايست به تهران منتقل شوند. هوا بسيار سرد بود و برف مي باريد. يخبندان عجيبي در جاده ها وجود داشت. حضرت امام با اين كه چندين ساعت در آمبولانس بودند اما به مجرد اين كه به بيمارستان قلب منتقل شدند، باز هم نماز شب خواندند.
 
 
اخلاص در نماز
يكي از علماي معاصر درباره نماز هاي امام خميني رحمه الله عليه مي گويد:
نمازي كه امام در بيابانهاي بين كويت و عراق با چند تن از ياران خود خواند، با نمازي كه در جماران همراه چند رئيس جمهوري و سران كشورهاي اسلامي خواند و آخرين نمازهايي كه ايشان در بيمارستان خواند، از لحاظ توجه و اخلاص،‌ يكسان بود.
 
شكستن يخ ها و...
مرحوم آيت الله سيد مصطفي خوانساري، از استادان حوزه علميه قم و يكي از  دوستان امام خميني رحمه الله عليه مي گويند: « در اينجا صحنه اي از عبادت ايشان (امام) را كه مشهود خودم بوده است، نقل مي كنم: يك سال در قم خيلي برف آمده بود قريب پنج – شش ذرع كه سيل نصف قم را برد. در همان موقع و در همان وضعيت، ايشان نصف شب از دارالشفاء مي آمد مدرسه فيضيه و به هر زحمتي بود يخ حوض را مي شكست و وضو مي گرفت و مي رفت زير مدرس مدرسه و در تاريكي مشغول تهجد مي شد. حالا چه حالي داشت؟ نمي توانم بازگو كنم. با حالت خوشي تا اذان صبح مشغول تهجد مي شد. هنگام اذان مي آمد مسجد بالاسر آقاي حاج ميرزا جواد ملكي به نماز مي ايستاد و بعد برمي گشت و مشغول مباحثاتش مي شد. مي توانم بگويم كه ايشان در امر عبادت و تهجد، اگر در بين علما بي نظير نبود، يقينا كم نظير بود.
 
چرا صدايم نزدي؟
حجت الاسلام علي انصاري مي گويد: امام خميني رحمه الله عليه در يكي از روزهاي آخر عمرشان مي خواستند بخوابند به من گفتند: اگر خوابيدم، اول وقت نماز بيدار كن. گفتم: چشم. ديدم اول وقت شد و امام خوابيده اند و حيفم آمد كه صدايشان بزنم، عمل جراحي، سرم به دست، گفتم صدايشان نزنم. چند دقيقه اي از اذان گذشت و امام چشمهايشان را باز كردند و گفتند. وقت نماز شده است؟ گفتم بله امام فرمودند: چرا صدايم نزدي؟ گفتم: ده دقيقه بيشتر از وقت نگذشته است فرمودند مگر به شما نگفتم؟ ايشان سپس فرزندشان را صدا زدند كه: احمد بيا و فرمودند: ناراحتم، از اول عمر تا حال، نمازم را اول وقت خواندم چرا الان كه پايم لب گور است ده دقيقه تاخير افتاد؟
 
 
تهجد و ناله
يكي از استادان قم نقل مي كرد: شبي مهمان حاج آقا مصطفي بودم ايشان خانه جداگانه اي نداشتند و در منزل امام بودند نصف شب از خواب بيدار شدم و صداي آه و ناله اي شنيدم، نگران شدم كه در خانه چه اتفاقي افتاده است؛ حاج آقا مصطفي را بيدار كردم و گفتم: ببين در خانه تان چه خبر است؟ ايشان نشست و گوش فرا داد و گفت: صداي آقا امام خميني رحمه الله عليه است كه مشغول تهجد و عبادت است.
 
 
صداي گريه
يكي از استادان حوزه علميه قمي مي گويند: از مرحوم آيت الله حاج آقا مصطفي خميني (قدس سره شنيدم كه فرمودند: ديدم آقا امام خميني رحمه الله عليه در اتاق خود هستند و صداي گريه ايشان بلند است. از مادرم پرسيدم: چه شده كه آقاي گريه مي كنند؟ مادرم فرمودند: ايشان در شبي كه موفق به نماز شب و راز و نياز به خدا نشود روز آن، چنين حالي را دارد.