در قزوين به علت  عقيده خاص شيخ در باب معاد جسماني از جانب ملامحمدتقي بَرَغاني، معروف به شهيد ثالث، مورد تکفير قرار گرفت که در پي آن جمعي از علما و بسياري از مردم خود را از شيخ دور کردند ، تلاش «شاهزاده رکن الدوله علينقي ميرزا»، حاکم قزوين نيز براي آشتي دادن شيخ احمد و مرحوم برغاني نه تنها فايده¬اي در بر نداشت بلکه  موجب انتشار هرچه بيشتر خبر اين تکفير شد شيخ احمد احسايي ناچار از قزوين به مشهد و سپس به يزد و از آنجا به اصفهان و کرمانشاه رفت ولي اين بار در تمام شهرها با سردي از او استقبال شد، گر چه هنوز هم کما بيش از پايگاه مردمي برخوردار بود. اما انتشار خبر تکفير از سوي برغاني به عنوان عالمي نامدار تأثير خود را گذاشته و موجب نگراني علما از وي و صدور فتاواي مشابهي در کربلا ونجف شد!([?])
تا يکي دو سال بآخر حيات ايشان مانده بود و قضيه عجيبي پيش آمد ….و آن قضيه حکايت تکفير شيخ بزرگوار بود که در شهر قزوين حادث شد و من در صدد ذکر جزئيات قضيه نيستم …. و صاحب قصص‌العلماء هم شرحي از مسموعات خود در اين باره نوشته …… و فقط چيزي که مسلم است و قابل انکار نيست و از مجموع روايات مختلفه پيدا است همانا مسأله تکفير است که قطعا واقع شده و مرتکب اول آن مرحوم ملا محمدتقي برغاني معروف بشهيد ثالث بود
ميرزا محمد باقر همداني مؤسس فرقه شيخيه باقريه به برخي علماي شيعه مخالف شيخ احسائي اشاره ميکند([?]) که عبارتند از:
??  حاج ملا جعفر استرآبادي([?])وي کتاب حياة الأرواح في الرد علي الشيخ احمد البحراني(الاحسائي) و اتباعه را در رد اين فرقه نگاشته است ([?])
?? ملا آقا دربندي; مؤلف کتب خزائن الاصول و خزائن الاحکام (متوفي ???? ه .)([?])
??
?? سعيد العلماء مازندراني([?])
?? ملا محمد تقي قزويني (شهيد ثالث) ، (متوفي ???? ه .)
?? شيخ محمد حسن صاحب جواهر  (متوفي ???? ه .) [?]
?? سيد محمد مجاهد; نويسنده‏ي مناهل (متوفي ???? ه .)
?? سيد مهدي طباطبايي; فرزند نويسنده‏ي کتاب رياض (متوفي ???? ه .) [?]
?? شيخ محمد حسين; نويسنده‏ي فصول (متوفي ???? ه .) [?]
?? سيد ابراهيم قزويني; مؤلف ضوابط (متوفي ???? ه .) [??]
شيخ شريف العلماء (متوفي ???? ه .) [??]
 رجوع شود به کتاب در جستجوي حقيقت استاد عليرضا روز بهاني
________________________________________
[?] . «قصص العلماء، ميرزا محمد تنکابنى، تهران، انتشارات علميه اسلاميه »، ص??
[?] ميرزا محمد باقر خندق آبادي همداني ، الاجتناب ????ه/ق بيتا ، بيجا ، ص??
[?] بهائيان ص ?? به نقل از : «مظاهرالآثار» ، نسخه خطى.، ج?، ص???? .
[?] ر.ک.اعيان‏الشيعة، ج‏?، ص: ??
[?] شرح حال وي در فهرس‏التراث، ج‏?، ص: ???آمده است
[?] قال الشيخ عباس القمي في الکنى و الألقاب: کان من أجلّاء تلاميذ شريف العلماء، مسلّما في الفقه و الأصول ر.ک.فهرس‏التراث، ج‏?، ص: ???
[?] . «فهرست»، ص???
[?] . «قصص العلماء»، ص??
[?] . «فهرست»، ص???
[??] . «فهرست»، ص???
[??] . «روضات الجنات»، ج?، ص???